Autogén elmélet: önfejlődés útján alakultak ki először a fototrófok, majd a heterotrófok
Endoszimbionta elmélet (Lynn Margulis): bekebelezések sorozatával alakultak ki a sejtalkotók (Bizonyítéka: mitokondrium és zöld színtest saját, kör alakú (prokariótákra jellemző) DNS-állománya és membrán-ja (kettős membránrendszer), riboszómák, prokarióta mérettartomány.